Gerek doğal ortamda gerekse laboratuar koşullarında kültürü yapılan alglerin ekonomideki önemi büyüktür. Bu önem alglerin çok çeşitli alanlarda kullanılmasından ileri gelir. Algal üretim günümüzde ötrofikasyon kontrolü, atık su arıtımı, güneş enerjisinin biomasa dönüştürülmesinde en etkili ve en ekonomik yoldur. Mikroalgler fazla CO2 i uzaklaştırarak ortamın pH’ sını ayarlarlar ve ortamdaki fazla nutrientin uzaklaştırılmasıyla su kalitesinin kontrolüne yardımcı olurlar. Ayrıca bazı kimyasal maddelerin üretiminde ve enerji eldesinde (metan gazı) de kullanılırlar. Mikroalgler son derece zengin karbonhidrat, protein ve özellikle yağ asidi içeriğine sahiptirler. Besin değeri yüksek olan algler sucul kommuniteler için makronutrient, vitamin ve iz elementlerin en önemli kaynağıdırlar. Aynı zamanda balık ve diğer su canlılarında renklenmenin gelişmesinde gerekli temel pigmentleri sağlarlar. Deniz ve tatlı sulardaki su ürünlerinin aşırı miktarda avlanması ve çevre kirliliği sorunlarının artışı ile deniz ve iç suların kirlenmesi buralarda yaşayan organizmaların azalmasına neden olmuştur. Bu nedenle yetiştiricilik çalışmaları hız kazanmıştır. Yetiştiricilik yapılan tesislerde larva beslenmesinde alg kültür üniteleri sistemin kaçınılmaz ve en önemli basamağıdır. Bu ünitelerdeki başarı kurulan zincirin diğer halkalarına yansır. Alglerle besleme bivalı molluskların bütün gelişim safhaları ve bazı balık türlerinin çok erken gelişim safhaları için gereklidir. Ayrıca balık ve crustaceanların larval ve erken Juvenil safhaları için besin olarak kullanılan rotifer, artemia, copepod gibi protein kaynağı olarak kullanılmaktadır. İnsanlar tarafından tüketilen çok sayıda Cyanophyte türü mevcuttur.