Mika Hakkinen ve McLaren' e karşı Michael Schumacher ile kazanılan pilotlar şampiyonluğu, 21 yıl sonra kazanılmış ilk "Formula 1 Pilotlar Şampiyonluğu" unvanı olmasının yanında 5 yıl sürecek bir başarının da başlangıcı oldu. 2001 yılında McLaren ve BMW.Williams' ın ortak olduğu şampiyonluk yarışını önde tamamlayan Ferrari, 2002 yılında radikal özelliklere sahip F2002 adlı araç ile büyük bir üstünlük sağlayarak şampiyonluğu sezonun bitiminden çok önce elde etmeyi başardı. 2002 yılının sonunda Ferrari' nin bu üstünlüğü nedeniyle Uluslararası Otomobil Federasyonu (FIA), Formula 1' de masrafları azaltarak diğer takımların rekabet gücünü arttırmak amacıyla bazı kural değişikliklerine gitti.
2003 yılında yeni kurallardan etkilenmesine rağmen tekrar hem takımlar hem de pilotlar şampiyonluğunu kazanmayı başardı.
2004 yılında F2004 ile 18 yarışın 15' ini kazanarak 2002' deki üstünlüğünü daha da ileri taşıyan Ferrari, yine hem takımlar hem de pilotlar şampiyonluğunu kazanmayı başardı.
Ferrari' nin 2004' ü de domine etmesinin üzerine FIA daha radikal kural değişikliklerine gitti. 2005 yılında aleyhine değiştirilen kurallara ayak uyduramayan Ferrari, araç ile lastik arasında yaşanan uyumsuzluk ve kural değişikliklerinin amacına ulaşmasi nedeniyle şampiyonayı ancak 3. olarak tamamlayabildi.
2006 yılında yapılan yeni kural değişiklikleri ve 3 litre V10 motordan 2.4 litre V8 motora geçişle birlikte yeniden bir toparlanma dönemine giren Ferrari, şampiyonluk mücadelesine tekrar ortak olmuştur.Monte Carlo Grand Prix'in de şampiyon pilot Michael Schumacher'in diğerlerini engellemek adına aracını yolda bıraktığı gibi bir suçlama yüzünden ve arından yaptığı motor değişikliği ile garajdan, diğer pilot Felipe Massa'nın da sıralama turlarında yaptıgı kazadan dolayı son sıradan başlaması ile tarihindeki en kötu sıralama ile başlamalarına rağmen Michael Schumacher muhteşem bir sürüş ile böyle zor bir pistte 5.'liği elde ederek şampiyon ruhunu ve tecrübesini ortaya koymustur.
F2004, birçok otorite tarafından gelmiş geçmiş en iyi Formula 1 aracı olarak kabul edilir. Michael Schumacher de bu dönemde elde ettiği başarılarla üst üste rekorlar kırarak tüm zamanların en başarılı Formula 1 pilotu olmuştur.
2004 yılı itibari ile, Fiat Ferrari'nin %56'sını, Mediobanca %15'ini, CommerzbankLehman Kardeşler %7'sini ve Ferrari'nin oğlu Piero Ferrari %10'una sahiptir. %10'unu,
Ferrari'nin 60'ıncı yıl için tasarladığı F60 modeli "Enzo Ferrari" ismiyle satışa sunulur. Ferrari 2007 pilotlarını Kİmi Raikkonen ve Felipe Massa olarak açıkladı.